Navantino Alves Filho nasceu em Belo Horizonte, em 1939. Seu pai era Navantino Alves, primeiro pediatra da capital mineira, chefe do Serviço de Pediatria da Santa Casa e diretor do primeiro hospital de crianças da cidade. A admiração pelo trabalho do pai foi decisiva na sua opção profissional.
Navantino estudou Medicina na Faculdade de Minas Gerais, se formou em 1964 e logo começou a Residência em Pediatria no Hospital São Vicente, coordenada pelo professor Berardo Nunan Filho e vinculada à Faculdade de Minas Gerais. De lá, foi para o Hospital da Santa Casa, ligado à Faculdade de Ciências Médicas da Universidade Católica, onde seu pai era catedrático. Ainda no começo da carreira trabalhou no consultório do pai e, em 1969, conseguiu uma bolsa para estudar no Hospital Pediátrico da Universidade de Toronto, no Canadá, onde se especializou em Neonatologia.
De volta a Belo Horizonte dois anos depois, dividia seu tempo entre o Berçário da Santa Casa (criado por ele), seu consultório e o Instituto de Aposentadoria e Pensão dos Bancários (IAPB). Em 1982 foi aprovado como assistente de ensino da Faculdade de Ciências Médicas de Minas Gerais, da Universidade Católica, e em 1997 começou a trabalhar como professor titular concursado da mesma instituição. Além da vida acadêmica, é autor de diversos artigos e livros sobre Neonatologia.
A vida associativa se intensificou em 1981, quando foi eleito presidente da Sociedade Mineira de Pediatria, depois de atuar em diferentes comissões e comitês da entidade. Cinco anos depois, foi eleito presidente da Sociedade Brasileira de Pediatria, num processo de nacionalização da SBP. Até os anos 1980, a SBP só tinha a dimensão nacional no nome, mas era dirigida para – e por – pediatras cariocas. Com a eleição de Fernando Nóbrega (1984/85), ex-presidente da Sociedade de Pediatria de São Paulo, este quadro mudou radicalmente. Com o fim do mandato de Nóbrega, a tendência pela nacionalização da SBP foi mantida e o nome de Navantino Alves Filho foi lembrado. A disputa pelo mandato de presidente em 1986 foi bastante acirrada e, com isso, o número de associados pulou de 5.500 para 7.712.
Durante seu mandato, Navantino Alves Filho fez 125 viagens pelo Brasil que o permitiram conhecer melhor o país e como a Pediatria era exercida em diferentes pontos da nação. Em sua gestão, também coordenou diferentes campanhas que tornaram a SBP conhecida na mídia e pela sociedade, tornando-a respeitada pelo governo. Uma campanha publicitária de grande destaque e com a obtenção de um milhão de assinaturas foi favorável à criação do Conselho Nacional da Criança. Mesmo não sendo plenamente vitoriosa, a luta levou à elaboração do Estatuto da Criança e do Adolescente e à inclusão de 12 artigos sobre crianças na Constituição de 1989. Outra campanha importante pregava a produção e o consumo do soro caseiro, mostrando a SBP no rádio e na televisão várias vezes ao dia. Ela trouxe reconhecimento internacional à entidade por seu esforço pela criança e deu à SBP, pela primeira vez, o prêmio mundial da UNICEF Criança e Paz, em 1987.