Fernando José de Nóbrega nasceu em 1930, no Rio de Janeiro, e cresceu em Niterói. Em 1948, quando entrou para a Faculdade Fluminense de Medicina, em Niterói, foi convidado pelo professor Francisco Pimentel a estagiar no serviço de cirurgia que dirigia. A relação de amizade com esse prestigiado médico e cirurgião foi decisiva em sua escolha profissional.
Dois anos depois de se formar, em 1954, mudou-se para São Paulo, onde morava seu irmão. Nóbrega queria estar junto da família e trabalhar em postos de puericultura recém-abertos na cidade. Foi trabalhar em um posto próximo a São Caetano e depois transferido para Vila Matilde. A experiência despertou seu interesse pela Pediatria e, em 1956, foi trabalhar no Ambulatório de Pediatria dentro da Phillips do Brasil, atendendo a filhos de funcionários e diretores.
No início dos anos 1960, conheceu o professor Azarias Andrade de Carvalho, catedrático de Pediatria da Escola Paulista de Medicina (EPM). Dessa relação profissional e amizade surgiu o convite, em 1961, para trabalhar com o Dr. Azarias na Escola Paulista de Medicina e criar, junto com outros médicos, o Pronto Socorro Infantil Sabará. Durante 40 anos, este grupo de médicos procurou manter um alto padrão de atendimento, fazendo com que esta clínica particular tivesse o melhor atendimento infantil da cidade de São Paulo. Até hoje, ser médico do Sabará agrega muito prestígio ao profissional. Começou a trabalhar como auxiliar de ensino na Escola Paulista de Medicina; em 1963 tornou-se chefe da Enfermaria do Serviço de Pediatria; e, logo depois, chefe da Residência e do Internato.
Em 1965, diagnosticou um caso de Fenilcetonúria, até então inexistente na literatura científica. Aos poucos, constatou que o número de crianças com deficiência mental na cidade de São Paulo ultrapassava os índices internacionais. Em sua pesquisa, defendeu a realização de exame sistemático em recém-nascidos para evitar a deficiência mental. A obrigatoriedade do exame transformou-se em Lei. Conhecido como Teste do Pezinho, hoje o exame é realizado em todo o País. Se forem identificados os sintomas da doença e for aplicada uma dieta especial, a criança terá chance de não sofrer com o mal em sua idade adulta. O grande mérito de sua Tese de Doutoramento de 1967 foi comprovar a grande incidência da doença no Brasil e a economia que o país faria com o exame diagnóstico.
Com o sucesso da tese, Nóbrega foi convidado, em 1968, a organizar o Departamento de Pediatria da Faculdade de Medicina da Universidade Estadual de São Paulo (Unesp), em Botucatu, onde permaneceu por oito anos. Ao final deste período, retomou sua atividade docente na Escola Paulista de Medicina (EPM), fez concurso para professor adjunto e titular e logo substituiu o professor Azarias de Carvalho na chefia do departamento. Em pouco tempo tornou-se chefe da Pós-Graduação e vice-diretor da Escola Paulista de Medicina. Depois de tantos anos de pesquisa em Metabolismo e Nutrição, na Prática Clínica e de Magistério, Fernando Nóbrega se considera um pediatra nutrólogo. Ele ganhou vários prêmios e integra diferentes associações de Pediatria e nutrição no Brasil e no exterior.
Em 1982, foi eleito presidente da Sociedade de Pediatria de São Paulo, onde criou uma revista, comitês de especialidade e seu primeiro congresso, patrocinados por laboratórios. Até 1984, a Sociedade Brasileira de Pediatria (SBP) era dirigida e frequentada quase que exclusivamente por cariocas. Com Fernando Nóbrega na Presidência e o grande apoio de Júlio Dickstein, a SBP deu um passo decisivo em sua nacionalização, e, com a criação dos comitês científicos, avançou na qualificação científica e na representação regional.